Medische Microbiologie & Infectieziekten

De afdeling Medische Microbiologie & Infectieziekten telt ongeveer 140 medewerkers en is ingedeeld in 4 units:

Diagnostiek

Binnen deze unit wordt bacteriologisch, mycologisch, parasitologisch, serologisch en moleculair microbiologisch onderzoek verricht in een verscheidenheid aan lichaamsmaterialen (o.a. urine, faeces, serum, plasma, liquor, BAL en sputum). Hierbij wordt gebruik gemaakt van verschillende technieken en/of specialistische apparatuur. De werkzaamheden worden als reguliere diagnostiek verricht maar ook als onderdeel van patiëntgebonden klinische trials waarbij infecties dan wel micro-organismen een rol kunnen spelen. Daarnaast richt men zich op het ontwikkelen, verbeteren, valideren en implementeren van nieuwe methoden en technieken.
Meer informatie over de verschillende specialismen kunt u vinden onder de kop Aandachtsgebieden / Expertises.

Voor meer informatie over infectieziekten kunt u op de volgende websites terecht:

GGD - https://www.ggdrotterdamrijnmond.nl/

RIVM - https://www.rivm.nl/onderwerpen

LCI - https://lci.rivm.nl/richtlijnen

ABR zorgnetwerk - https://www.abrnetwerk.nl/

WHO - https://www.who.int/health-topics

Infectiepreventie

Deze unit richt zich op het voorkómen van infecties die patiënten oplopen tijdens opname en/of behandeling in een ziekenhuis.
Meer informatie vindt u op de pagina van het specialisme Infectiepreventie.

Research & Development

Het onderzoek van deze unit richt zich op multidisciplinaire, translationele en klinische studies naar microbiële infecties op moleculair, cellulair, patiënt- en populatieniveau; ‘from bench to bedside and back’.
Meer informatie over principal investigators, research lines en projecten vindt u op de Research & Development pagina.

Staf en Algemene zaken

Deze unit bestaat uit het afdelingshoofd, de medische staf, AIO’s en enkele ondersteunende diensten zoals het secretariaat, kwaliteit en ICT-beheer. 

Kijk hiervoor in de bepalingenwijzer.

De afdeling MMIZ van het Erasmus MC is uniek in de wereld door de sterke verbinding van klinische infectieziekten en laboratorium. Deze verbinding wordt mogelijk gemaakt door de intensieve samenwerking van artsen-microbiologen, biochemici, (moleculair) biologen en internisten-infectiologen waardoor een kruisbestuiving ontstaat die resulteert in optimale patiëntenzorg. Al deze disciplines zijn overlappend in klinische consulten en interpretatie van laboratorium uitslagen, maar zijn ook complementair in de patiëntenzorg.

Daarnaast hebben de artsen-microbiologen, biochemici en (moleculair) biologen een meerwaarde voor laboratoriumwerk (bench) en internisten-infectiologen voor patiëntenzorg (bedside). Dit maakt dat de afdeling MMIZ infectieziekten van bench tot bedside in alle facetten bedrijft. Dit is ook noodzakelijk in een ziekenhuis als het Erasmus MC waar de laatste jaren een verschuiving naar meer complexe/tertiaire patiëntenzorg nationaal maar in toenemende mate ook internationaal gaande is.Dit vraagt van een ondersteunende afdeling als de MMIZ, kennis van specifieke ziektebeelden binnen bijv. hematologische maligniteiten, transplantaties en specifieke operaties maar ook innovaties op gebied van laboratoriumtechnieken en toepassingen hiervan.

Dr. L.G.M. (Lonneke) Bode

Medische Microbiologie

Dr. G.M. (Ga-Lai) Chong

Medische Microbiologie

P.D. (Peter) Croughs

Medische Microbiologie

Prof.dr. J.J. (Jaap) van Hellemond

Medische Microbiologie

Dr. C.H.W. (Corné) Klaassen

Medische Microbiologie

Dr. B.C.G.C (Bibi) Mason-Slingerland

Medische Microbiologie

Dr. J.A. (Juliëtte) Severin

Medische Microbiologie

Dr. J.E.M. (Jurriaan) de Steenwinkel

Medische Microbiologie

T.D.K. (Khoa) Thai

Medische Microbiologie

Dr. S.F.T. (Steven) Thijsen

Medische Microbiologie

Dr. N.J. (Nelianne) Verkaik

Medische Microbiologie

Prof. Dr. (Mar)greet Vos

Medische Microbiologie

Dr. M. (Mireille) van Westreenen

Medische Microbiologie

Dr. E. (Erlangga) Yusuf

Medische Microbiologie

Voor alle informatie over onze laboratoriumdiagnostiek verwijzen wij u graag naar de overzichtspagina van de laboratoriumdiagnostiek pagina van het Erasmus MC. 
Op deze pagina kunt u uitgebreide informatie vinden over ons aanbod in de bepalingenwijzer, evenals bijbehorende voorwaarden en tarieven, evenals de benodigde aanvraagformulieren en aanwijzingen om materiaal goed en veilig naar ons te versturen.

Het laboratorium is per april 2014 ISO-geaccrediteerd (nr. M132, zie de scope op de website van de Raad voor Accreditatie).

Klik hier voor meer informatie over het verrichtingenpakket in relatie tot de scope en uitbesteed onderzoek.

Het onderzoek van de unit Research & Development (R&D) richt zich op multidisciplinaire, translationele en klinische studies naar microbiële infecties op moleculair, cellulair, patiënt- en populatieniveau; ‘from bench to bedside and back’.
Meer informatie over principal investigators, research lines en projecten vindt u op de Research & Development pagina.

De afdeling Medische Microbiologie & Infectieziekten telt ongeveer 140 medewerkers en is ingedeeld in 4 units:

• Diagnostiek
• Infectiepreventie
• Research & Development
• Staf en Algemene Zaken

 

Het afdelingsbeleid is erop gericht de hoofdtaken van de afdeling (patientenzorg, wetenschappelijk onderzoek, opleiding en onderwijs) zoveel mogelijk geintegreerd, d.w.z. multidisciplinair, te organiseren rond het thema infectieziekten. Binnen en tussen de 4 units wordt dan ook intensief samengewerkt. 

Visie

Een centrum voor infectieziekten met internationale erkenning vanwege de hoogwaardige kennisontwikkeling en multidisciplinaire zorg voor de patiënt met complexe problematiek.

Missie

Van micro-organisme naar macromanagement, snelle infectieziekten ondersteuning met de juiste informatie voor de juiste gebruiker op het juiste moment.

Onze specialisten op het gebied van infectieziekten werken nauw samen in de opleidingen tot arts-microbioloog en internist-infectioloog. (Etalage) stages zijn mogelijk voor diverse andere AIOS ongeacht hun discipline. Wij laten AIOS graag schitteren in het vak van hun keuze op een manier die bij hen past.

(Etalage)stage mogelijkheden

Naast de vormgeving van de medische vervolgopleiding binnen het Erasmus MC bieden wij andere stages aan. Samen met AIOS van een andere discipline of AIOS  uit een andere opleidingsregio maken wij een stage die aansluit op hun persoonlijke leerdoelen. Denk aan stages infectiepreventie, infectieziektenconsulten met of zonder ‘antibiotic stewardship’, en parasitologie. Op verzoek kan de inhoud ook anders zijn!

Meer informatie?

Over (stages binnen) de opleiding tot arts-microbioloog vertelt onze opleider dr. Lonneke Bode graag meer. Onze opleider dr. Jan Nouwen staat klaar om u te informeren over mogelijkheden van stages binnen de infectiologie. Neem laagdrempelig contact met ons op door het contactformulier onderaan deze pagina in te vullen.

Naast het reguliere onderwijs aan studenten Geneeskunde is een belangrijke taak van de afdeling MMIZ jonge mensen op te leiden voor onderwijs-, patiëntenzorg- en onderzoekstaken over de gehele breedte van het vakgebied.

Op het niveau van het diagnostisch laboratorium is er de mogelijkheid praktijkstages te lopen voor HLO stagiairs. Uitgebreide informatie van zowel de vervolgopleiding tot arts-microbioloog als het volgen van een laboratoriumstage is te vinden op deze pagina.

In dit laboratorium worden kweken uitgevoerd van diverse lichaamsmaterialen. Op specifieke voedingsmedia worden, afhankelijk van vraagstelling en herkomst van het materiaal, bacteriën gekweekt.

De analist zal per voedingsbodem beoordelen of de gekweekte micro-organismen onderdeel zijn van de normale flora of dat er mogelijk pathogene micro-organismen groeien. Deze laatste worden geïdentificeerd  via diverse apparatuur en technieken en er wordt een bepaling gedaan om te onderzoeken voor welke antibiotica er resistentie is.

Welk gewenst onderzoek er gevraagd wordt vanuit de kliniek is hierbij cruciaal omdat afhankelijk hiervan een ander set aan voedingsmedia en/of aangepaste incubatie omstandigheden worden gebruikt. Zo is er bijvoorbeeld de banale kweek waarin naar de meest voorkomende pathogene micro-organismen wordt gezocht maar er zijn ook veel specifiekere onderzoeken zoals Nocardia, Legionella enz. 

Om een optimaal resultaat te kunnen rapporteren is het van belang om naast het gewenste onderzoek ook relevante klinische gegevens en onderliggend lijden door te geven. Ook als de juiste herkomst van het lichaamsmateriaal niet staat vermeld kan het gewenste onderzoek niet worden uitgevoerd.

De eisen m.b.t. de aanvraag en bemonstering (afname en transport) kunt u vinden in de bepalingenwijzer (eLabgids).

 

Het Laboratorium voor Parasitologie van de afdeling Medische Microbiologie & Infectieziekten van het Erasmus MC, is een nationaal expertise centrum voor diagnostisch onderzoek naar parasitaire infecties. Het laboratorium is niet alleen kundig op het gebied van in Nederland voorkomende parasieten, maar het heeft ook speciale expertise voor parasitaire infecties geïmporteerd uit de tropen en voor infecties bij patiënten met verminderde afweer. Hiernaast verzorgt het Laboratorium voor Parasitologie diverse post-HBO cursussen voor parasitologische diagnostiek en is het laboratorium het coördinerende centrum voor alle externe kwaliteitsrondzendingen in zake parasitologische diagnostiek van de Stichting Kwaliteitsbewaking Medische Laboratoriumdiagnostiek (SKML)

Routine patiëntdiagnostiek
Het laboratorium voor parasitologie verricht een groot pallet aan onderzoekstechnieken; macro- en microscopisch onderzoek, antigeen detectie, serologisch en moleculair onderzoek. Het (CITO) bloedonderzoek naar bloedparasieten bestaat primair uit malaria antigeen detectie in combinatie met microscopisch onderzoek (QBC, dikke druppel- en uitstrijkpreparaten), eventueel aangevuld met moleculaire confirmatie (PCR). Bij specifieke verdenking kan aanvullend onderzoek worden uitgevoerd naar de eventuele aanwezigheid van trypanosomen, microfilaria en/of spirocheten. 

Het standaard onderzoek naar darmparasieten bestaat uit microscopisch fecesonderzoek d.m.v. een Dual Feces Test (DFT) in combinatie met standaard moleculair onderzoek (PCR) naar  giardiasis, cryptosporidiose en amoebendysenterie. Daarnaast kan aanvullend microscopisch en/of moleculair onderzoek (PCR) worden aangevraagd naar specifieke protozoa (microsporidia, Blastocystis spp. en Dientamoeba fragilis) en/of wormeieren/larven (bijvoorbeeld Schistosoma spp. en Strongyloides stercoralis). 

Moleculaire diagnostiek wordt verder aangeboden voor Acanthamoeba spp. (corneaschraapsel), Leishmania spp. (huidbiopt, beenmerg, bloed) met species determinatie, Toxoplasma gondii (liquor, bloed en biopt), Plasmodium species (bloed), vrijlevende amoeben (Naegleria fowleri en Balamuthia mandrillaris in liquor) en Trichomonas vaginalis (urogenitaal uitstrijkmateriaal of urine). 
Tot slot biedt het laboratorium een breed pakket aan serologische testen voor het aantonen van specifieke antistoffen voor amoebiasis, echinococcose, filariasis, leishmaniasis, schistosomiasis, strongyloidiasis, toxocariasis en toxoplasmose. 

De eisen m.b.t. de aanvraag en bemonstering (afname en transport) kunt u vinden in de bepalingenwijzer (eLabgids).

Op de mycologie wordt onderzoek gedaan naar pathogene gisten en schimmels. Bij de schimmels worden dermatomycosen ( oppervlakkige huidschimmelinfecties) en systemische infecties (dieper in het lichaam) onderscheiden. Een dermatomycose is lastig, maar niet gevaarlijk. Mensen met een goede weerstand kunnen er ook last van hebben. Eén op de drie mensen heeft bijvoorbeeld een voetschimmel (schilferende voet of kalknagels). Huidschimmels kunnen geen systemische infectie veroorzaken. Andere schimmels kunnen wel systemische infecties, zoals een longontsteking, bloedvergiftiging en hersenvliesontsteking, veroorzaken.  Systemische schimmelinfecties zijn dus veel gevaarlijker. Ze treffen met name mensen met een (extreem) lage weerstand. Gisten kunnen zowel huidinfecties als systemische infecties veroorzaken.

Om  een gist- of schimmelinfectie op te sporen, onderzoekt de afdeling mycologie van de MMIZ van het ErasmusMC  huidschilfers, sputum, bloed of andere patiëntmaterialen op de aanwezigheid van gisten en schimmels.

Dermatomycosen

Onderzoek op dermatofieten wordt verricht middels microscopie en kweek. Patiëntmaterialen die hiervoor in aanmerking komen, zijn huidschilfers, nagelfragmenten van de rand van het geïnfecteerde gebied, haren (zowel geknipt als inclusief haarwortel). In geval van haren kan microscopisch onderscheid gemaakt worden tussen endothrix en ectothrix. Het specifieke ziektebeeld Pityriasis versicolor kan microscopisch worden bevestigd (spaghetti and meatballs). Een kweek op dermatofieten duurt minimaal drie weken.

Systemische infecties

Onderzoek op pathogene schimmels die dieper in het lichaam een infectie veroorzaken. Dit onderzoek wordt verricht op diverse patiëntmaterialen, zoals bloed, weefsels, pus, sputum, BAL, sinusspoelsel enz. De gekweekte pathogene schimmel wordt geïdentificeerd en indien nodig wordt er een antibiogram bepaald. Een schimmelkweek duurt minimaal één week, maar bij een positief resultaat kan dit verlengd worden. Uitzondering is de kweek op dimorfe schimmels, zoals Histoplasma en Coccidioides. Deze kweek duurt minimaal zes weken.

De eisen m.b.t. de aanvraag en bemonstering (afname en transport) kunt u vinden in de bepalingenwijzer (eLabgids).

Aantonen van antigenen en antistoffen in bloed

Bij serologisch onderzoek wordt er gekeken naar antigenen en antistoffen tegen bacteriën in het bloed.  Dit wordt gedaan door het gebruik van verschillende technieken zoals directe agglutinatie, ELISA en chemiluminescentie (CLIA).

Materialen die onderzocht kunnen worden zijn o.a. bloed, serum en liquor.

• Door het aantonen van antistoffen kan er bepaald worden of een infectie actief is of in het verleden al is doorgemaakt
• Door de hoogte van de antistoftiter te bepalen kan de mate van activiteit van de infectie bepaald worden
• Door verschillende antistoffen (IgG, IgM, IgA) aan te tonen, kan er onderscheiden worden in welke fase van de infectie de patiënt zich bevindt
• Door het bepalen van antigenen kan er gekeken worden of de infectie op dit moment in het lichaam actief is
• Bij elke test die wordt uitgevoerd worden er controles meegenomen om te kijken of de test gelukt is en dus een betrouwbare uitslag geeft

Om uiteindelijk tot een goede serologische uitslag te komen zijn ook andere (klinische) gegevens nodig zoals bijvoorbeeld de datum van de 1e ziektedag en het ziektebeeld. 

De eisen m.b.t. de aanvraag en bemonstering (afname en transport) kunt u vinden in de bepalingenwijzer (eLabgids).

Het laboratorium moleculaire microbiologie richt zich op kwalitatief hoogwaardige diagnostiek en innovatie op het gebied van de moleculaire diagnostiek. Binnen het laboratorium moleculaire microbiologie richten wij ons op detectie, identificatie en typering van pathogene micro-organismen.

Detectie

Voor detectie van pathogene micro-organismen is jarenlange expertise opgebouwd met ontwikkeling, validatie en implementatie van zgn. in-house assays die gebaseerd zijn op een grote diversiteit aan real-time PCR technieken. Voor deze toepassing maakt de afdeling gebruik van DNA extractie en real-time PCR platforms. Er worden veel verschillende testen uitgevoerd waaronder detectie van verschillende bacteriële luchtweg- en darmpathogenen, diverse SOA’s en schimmels. Ook wordt getest op aanwezigheid van resistentie genen van diverse bacteriën en schimmels.

Identificatie

Voor identificatie wordt gebruik gemaakt van Sanger sequencing. Met deze methode kunnen bacteriën en schimmels worden geïdentificeerd.

Typering

Voor de typering/karakterisering van micro-organismen zijn veel technieken beschikbaar waaronder MLVA, AFLP, Sanger sequencing en Whole genome sequencing.

Voor een volledig overzicht van de beschikbare testen en de eisen m.b.t. de aanvraag en bemonstering (afname en transport) kijkt u in de bepalingenwijzer (eLabgids).

Tuberculose (TBC) is een ernstige infectieziekte die wordt veroorzaakt door de bacterie Mycobacterium tuberculosis. Wereldwijd is het de meest dodelijke infectieziekte, er overlijden per jaar meer dan 1,5 miljoen mensen ten gevolge van TBC. In Nederland wordt ieder jaar bij bijna 800 mensen TBC vastgesteld.

Tuberculose wordt overgedragen via de lucht. Wanneer een patiënt met besmettelijke longtuberculose (“open TBC”) hoest en niest, kunnen de bacteriën uit de longen vrijkomen. Als een ander deze bacteriën inademt, kan deze persoon worden besmet. Een persoon kan geïnfecteerd zijn zonder ziek te zijn. Dan spreken we van een latente TB infectie (LTBI). Na deze infectie is een kans van ongeveer 10% dat deze persoon de ziekte TBC krijgt. Deze kans is het grootst in de eerste twee jaar na infectie. De incubatietijd – de tijd van infectie tot ontwikkeling van de ziekte- varieert van enkele weken tot levenslang.

TBC komt voor in een pulmonale en een extrapulmonale vorm waarbij de ziekte zich respectievelijk in en buiten de long manifesteert. De symptomen bij pulmonale TBC zijn hoesten (al dan niet met kleine hoeveelheden bloed), nachtzweten, afvallen en algehele malaise. Extrapulmonale TBC kan in vrijwel alle organen voorkomen zoals het hart, de lymfklieren, de wervelkolom en de hersenen.  De behandeling van TBC is complex waarbij patiënten verschillende antibiotica moeten slikken gedurende tenminste 6 maanden.

NTM (Non-Tuberculeuze Mycobacteriën) is de verzamelnaam voor mycobacteriën, anders dan de mycobacteriën die TBC of lepra veroorzaken. NTM komen voor in de omgeving, met name in water en grond en er zijn ongeveer 200 verschillende soorten beschreven.  NTM veroorzaken infecties in specifieke patiënten groepen. Het meest bekend zijn de longinfecties bij patiënten met specifieke longziekten zoals cystic fibrosis en longemfyseem. Ook kunnen NTM ziekten veroorzaken bij patiënten met een gestoorde afweer waarbij verschillende organen aangedaan kunnen zijn. Ook de behandeling van NTM-infecties is langdurig en gecompliceerd. De behandeluitkomst voor sommige NTM infecties is momenteel nog slechter dan die van multi-drugresistent (MDR-) TBC.

Optimale diagnostiek naar mycobacteriële infecties zoals TBC en NTM infecties is van belang voor het vroegtijdige stellen van een diagnose om vervolgens een juiste behandeling te kunnen starten.

De diagnostiek naar mycobacteriën heeft verschillende stappen:

• Microscopisch onderzoek op direct en/of gedecontamineerd materiaal; auraminekleuring.
• Bacteriologische kweek voor isoleren van mycobacteriën
• Moleculaire identificatie van M. tuberculosis complex en de meeste klinisch relevante NTM
• Moleculaire resistentie van M. tuberculosis complex
• Fenotypische gevoeligheid van M. tuberculosis complex voor de eerstelijns antibiotica; isoniazide, rifampicine, ethambutol en pyrazinamide

 De eisen m.b.t. de aanvraag en bemonstering (afname en transport) kunt u vinden in de bepalingenwijzer (eLabgids).